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原位雜交技術（In situ hybridization，ISH）是分子生物學、組織化學及細胞學相結合而產生的一門新興技術，以下是該技術的原理及分類：
基本原理
原位雜交技術的基本原理是利用核酸分子單鏈之間有互補的堿基序列，將有放射性或非放射性的外源核酸（即探針）與組織、細胞或染色體上待測DNA或RNA互補配對，結合成專一的核酸雜交分子，經一定的檢測手段將待測核酸在組織、細胞或染色體上的位置顯示出來。
技術分類
RNA原位雜交：又稱RNA原位雜交組織化學，是指運用cRNA或寡核苷酸等探針檢測細胞和組織內RNA表達的一種原位雜交技術。其基本原理是：在細胞或組織結構保持不變的條件下，用標記的已知的RNA核苷酸片段，按核酸雜交中堿基配對原則，與待測細胞或組織中相應的基因片段相結合（雜交），所形成的雜交體經顯色反應后在光學顯微鏡或電子顯微鏡下觀察其細胞內相應的mRNA、rRNA和tRNA分子。
基因組原位雜交（Genome in situ hybridization，GISH）：利用物種之間DNA同源性的差異，用另一物種的基因組DNA以適當的濃度作封阻，在靶染色體上進行原位雜交。
熒光原位雜交（Fluorescence in situ hybridization，FISH）：在已有的放射性原位雜交技術的基礎上發展起來的一種非放射性DNA分子原位雜交技術。它利用熒光標記的核酸片段為探針，與染色體上或DNA顯微切片上的特異序列進行雜交，通過熒光檢測系統（熒光顯微鏡）檢測信號DNA序列在染色體或DNA顯微切片上的目的DNA序列，進而確定其雜交位點。FISH技術檢測時間短，檢測靈敏度高，無污染，已廣泛應用于染色體的鑒定、基因定位和異常染色體檢測等領域。
多彩色熒光原位雜交（Multicolor fluorescence in situ hybridization，mFISH）：在FISH技術的基礎上發展起來的一種新技術，它用幾種不同顏色的熒光素單獨或混合標記的探針進行原位雜交，能同時檢測多個靶位，各靶位在熒光顯微鏡下和照片上的顏色不同，呈現多種色彩。
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