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浮游菌采樣儀的工作原理主要基于顆粒撞擊原理和等速采樣理論。當帶有微生物顆粒的空氣流經采樣器的微孔時，微生物顆粒因慣性作用撞擊到微孔的內表面并被捕獲，從而實現了對浮游菌的采集。同時，采樣器口的風速與周圍環境中的風速基本一致，保證了采集到的樣本能更準確地反映環境中微生物的實際濃度水平。
浮游菌采樣儀廣泛應用于各種需要監測和控制空氣中微生物污染的場合，在使用的時候，需要注意以下幾點：
1、測試環境準備：被測試潔凈室的溫、濕度須達到規定的要求；靜壓差、換氣次數、空氣流速須控制在規定值內。對單向流測試應在凈化空調系統正常運行不少于10分鐘后開始，非單向流不少于30分鐘后開始。靜態測試時，室內人員不多于2人，采樣時測試人員應在采樣口下風側。
2、操作規范：測試人員應按無菌操作規程進行，采取一切措施防止采樣口的污染和其它人為對樣本的污染。測試人員須穿戴符合潔凈級別的潔凈服。浮游菌測試前，被測潔凈室及采樣器均應已經過消毒。
3、采樣操作：取下采樣頭，將培養皿放置在支撐支架上，安裝好采樣頭。啟動儀器后進入采樣界面，點擊開始采樣即可。采樣結束后會有提示。
此外，為確保浮游菌采樣儀的長期穩定運行和采樣精度，需要定期對設備進行維護和保養。這包括清洗采樣頭、檢查電源和氣源連接情況、校準儀器精度等工作。同時，還應注意避免設備受到撞擊或振動等不良影響。
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