微生物群落是指在一定區域里，或一定生境里，各種微生物種群相互松散結合，或有組織緊湊結合的一種結構單位。有共生作用，拮抗作用，有些還有降解，生防作用，微生物的作用是很神奇的，利用微生物的特性可以為人類做出許多貢獻！
         生態環境中的微生物也存在個體、種群、群落和生態系統從低到高的組織層次，與動物、植物相比，微生物具有更強的群體性。在這個系列中，群落處在關鍵的位置上，種群的相互作用是特定群落形成和結構的基礎，生態系統所表現出來的生態功能也取決于群落的功能。

　　在自然界中，微生物極少單獨存在，總是較多種群聚集在一起。當微生物的不同種類或微生物與其他生物出現在一個限定的空間內，它們之間互為環境，相互影響，既有相互依賴又有相互排斥，表現出相互間復雜的關系。

　　一、寄生：一種種群對另一種群的直接侵入，寄生者從寄主生活的細胞或生活組織獲得營養，而對寄主產生不利影響。如木霉和核絲菌，噬菌體和細菌等。

　　二、協同作用：相互作用的兩種種群相互有利，二者之間是一種非專性的松散聯合。如硝酸細菌和亞硝酸細菌。

　　三、互惠共生：相互作用的兩種種群相互有利，二者之間是一種專性的和緊密的聯合，聯合的種群發展成一個共生體。如地衣。

　　四、偏害作用：一種種群阻礙另一種種群的生長，而對種種群無影響。即一種微生物通過產生特殊代謝產物或改變環境條件來抑制或殺死另一種微生物的現象，也稱拮抗、偏害共棲。如硫化細菌產生硫酸降低環境的 PH ，抑制不耐酸的各種細菌生長。

　　五、競爭：兩種種群因需要相同的生長基質或其他環境因子，致使增長率和種群密度受到限制時發生作用，其結果對兩種種群都是不利的。

　　六、捕食：一種種群被另一種種群*吞食，捕食者種群從被捕食者種群得到營養，而對被捕食者種群產生不利影響。即一種微生物直接吞食另一種微生物的現象。

　　七、偏利作用：一種種群因另一種群的存在或生命活動而得利，而后者沒有從前者受益或受害。如貝氏硫細菌氧化 H2S 可解除對 H2S 敏感細菌的毒性。

　　八、中立生活：兩種群之間在一起彼此沒有影響或僅存無關緊要的影響。如乳桿菌和鏈球菌，一般發生在種群之間代謝能力差異或微生物總量很小而且代謝活力有極低的生態環境中。