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用于染色的培養細胞既可以是貼壁細胞，也可以是懸浮細胞。貼壁細胞通常使其生長在合適的固相支持物上；懸浮細胞可以直接固定，也可以通過甩片或使用化學黏合劑黏附在固相支持物上。
（一）貼壁細胞
貼壁細胞的準備比較簡單，可以使其生長于適當的載玻片、蓋玻片或塑料組織培養皿中。如果實驗要求高分辨率或需拍照，細胞應生長于載玻片或蓋玻片上；如果實驗的分辨率要求不高，或者是大量樣品的篩選，可使細胞生長于塑料組織培養皿中。
將貼壁細胞生長在固相支持物上有其*的優點，操作步驟，如沖洗、固定、通透及染色均較簡單易行，便于同時進行大量不同種類細胞、不同抗體及不同條件下的操作。
（二）懸浮細胞
懸浮細胞的制備可以采用多種不同的方法。如果是進行細胞內部抗原的定位，一般可用甩片機將細胞甩在一張載玻片上，也可以先用帶電的交聯劑涂在蓋玻片上，然后再將細胞黏附于蓋玻片上。此后的操作步驟與貼壁細胞相同。
在某些情況下，細胞可在懸浮狀態下染色。這是因為在其后的操作步驟中，需要細胞在懸浮狀態下進行，例如細胞分選。在懸浮狀態下處理細胞更加繁瑣，因為每一洗滌步驟均須離心、再懸浮細胞。
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