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PAGE膠上蛋白質的銀染方法有數百種，其原理相似，具體步驟各不相同。銀染為蛋白質的非特異性染色，呈“爆炸性”反應模式，用于蛋白定量時準確性差，但其敏感度高、簡便易行，仍被廣泛應用。下面列舉的這三種方法為常用的雙向電泳凝膠染色法，可與質譜兼容。其中方法1敏感性zui高，方法3背景zui低、對比度好。
1. Blam silver staining protocol （Modified）
| 程序 | 溶液 | 時間 |
|---|---|---|
| 固定 | 40%ETOH 10%HAC | 1小時 |
| 漂洗 | 30%ETOH | 2×20min |
| 致敏 | 0.02%Na2S2O3 | 1min |
| 漂洗 | H2O | 3×20Secs |
| 染色 | 0.1%AgO3（預冷） | 4℃，20mins |
| 漂洗 | H2O H2O（更換盤子） | 3×20Secs 1min |
| 顯色 | 3%Na2CO3 0.05%甲醛 | |
| 漂洗 | H2O | 20Secs |
| 中止 | 5%Hac | |
| 漂洗 | H2O | 3×10min |
| 貯存 | 1%Hac,4℃ |
2. EMBL Silver Staining Protocol
| 程序 | 溶液 | 時間 |
|---|---|---|
| 固定 | 50%MeOH 5%HAc | 20min |
| 漂洗 | H2O | 2hr或過夜 |
| 致敏 | 0.02%Na2S2O3 | 1min |
| 漂洗 | H2O | 2×1min |
| 染色 | 0.1%AgO3（預冷） | 20mins |
| 漂洗 | H2O | 2×1min |
| 顯色 | 2%Na2CO3 0.04%甲醛 | |
| 中止 | 5%Hac | |
| 漂洗 | H2O | 3×10min |
| 貯存 | 1%Hac,4℃ |
3. Vorum Silver Staining Protocol
| 程序 | 溶液 | 時間 |
|---|---|---|
| 固定 | 50%MeOH 12%HAC 0.05%甲醛 | 2hr或過夜 |
| 漂洗 | 35%ETOH | 3×20min |
| 致敏 | 0.02%Na2S2O3 | 2min |
| 漂洗 | H2O | 3×5mins |
| 染色 | 0.2AgNO3 0.076%甲醛 | 20mins |
| 漂洗 | H2O | 3×5mins |
| 顯色 | 3%Na2CO3 0.05%甲醛 0.0004% Na2S2O3 | 5mins |
| 中止 | 50%MeOH 12%HAc | |
| 貯存 | 1%Hac,4℃ |
注意事項：
1.應嚴格按照操作步驟進行；
2.顯色前更換新染色盤；
3.顯色時變為黃色或棕色后立即棄去，更換新鮮顯色液，一般來說染一塊膠應配制500ml染液。更換2-3次；
4.市售甲醛的濃度為37%；
5.三種方法均與質譜兼容，Blum法敏感性高，但背景呈淡黃色，EMBL法次之但背景較低，染色點較黑。Vorum相對不敏感，但背景清晰，信噪比高。
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