所謂食品的殺菌顧名思義是將食品中的微生物全部殺滅。然而罐頭食品所稱“殺菌”與綱菌學上的殺菌是有區別的。后者是指無菌，因而有用“滅菌”一詞。如果罐頭食品的殺菌真要達到這種程度，那末殺菌的溫度與時間將大為增加。這勢必影響食品的質量。也就是降低食品的風味和營養，甚致喪失食用價值。為了保證食品的色、香、味及其營養價值，罐頭食品的殺菌只能要求食品在加熱一定程度后不致含有對人體健康；有害的致病菌。同時在正常的貯藏條件下能抑制使食品敗壞的非致病微生物的活動。從而達到罐頭貯藏所規定的保存期。罐頭食品的這種殺菌也稱為“商品殺菌”。 

   據研究，影響罐頭殺菌效果的因素很多，如食品在殺菌前的污染程度、食品成分、熱的傳遞、罐頭初溫等。分別簡要介紹如下：

（1）食品在殺菌前的污染程度

從原料處理至灌裝殺菌，食品均會受到不同程度的微生物污染，污染率愈高，在同樣溫度下，殺菌所需的時間愈長。不同種類的微生物具有不同程度的抗熱性，酵母菌40～70℃，嗜熱性細菌75～80℃，肉毒桿菌A、B型芽孢要100℃經過6小時或在120℃經過4分鐘加熱才能殺死。微生物芽孢愈多，殺菌所需的溫度愈高，殺菌的時間也愈長。