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食品中菌落總數的測定，目的在于了解食品在生產中，從原料加工到成品包裝受外界污染的情況；也可以應用這一方法觀察細菌在食品中繁殖的動態，確定食品的保存期，以便對被檢樣品進行衛生學評價時提供依據。
食品有可能被多種類群的微生物所污染，每種細菌都有它一定的生理特性，培養時應用不同的營養條件及其生理條件（如溫度、培養時間、PH值、需氧性質等）去滿足其要求，才能分別將各種細菌培養出來。但在實際工作中，一般都只用一種常用的方法去作菌落總數的測定，所得結果，只包括一群能在營養瓊脂上發育的嗜中溫性需氧菌的菌落數。
國家標準所規定的菌落總數（Berobie bacterial count）就是指食品檢樣經過處理，在一定條件下培養后，所得1g或lmL檢樣中所合細菌菌落的總數。
食品中菌落總數的多少，直接反映著食品的衛生質量。如果食品中菌落總數多于10萬個，就足以引起紹菌性食物中毒；如果人的感官能察覺食品因細菌的繁殖而發生變質時，細菌數大約已達到106一107個／g（mL或cm2）。詳見表5—1。
從表中可以看出食品的變質反映與菌落總數的增多有一定，但有時食品中細菌含量很高，即使已達到相當于同種食品已變質時的細菌數，而食品并未有任何變質現象，這種情況也是經常會遇到的。有時食品遭受污染的程度特別嚴重，食品中雖含有大量的細菌，由于時間短暫或細菌繁殖條件不具備，就見不到變質現象。例如：細菌難以生長的一些干制食品和冰凍食品，它們含有細菌的多少，就可以表明這些食品在生產、運輸、貯藏等過程中衛生管理的狀況。
從食品衛生觀點來看，食品中菌落總數越多，說明食品質量越差，也就應考慮到病原菌污染的可能性愈大；當菌落總數僅少量存在時，則病原菌污染的可能性就會降低，或者幾乎不存在。但也有少數情況并不*如此，有人曾報道，從市售的一批冰蛋制品中，在所檢出菌落總數在5000個／g；以下的樣品中，和其中僅含菌落總數380個／g的樣品中，均可分離出沙門氏菌，并且都有大腸菌群存在。再如，在一些菌落總數低的食品中（如罐頭食品），曾有細菌繁殖并已產生了毒素，但是由于環境條件的限制使細菌不能延續生長繁殖，而毒素因性狀穩定不受環境的影響而仍在食品中保留。保這種情況，就不能單憑菌落總數一項指標來評定食品衛生質量的優劣。
還有一些食品，如酸泡菜、發酵乳等發酵制品，也不能單憑測定菌落總數來確定衛生質量，因為發酵制品本身就是通過微生物的作用而制成的。根據以上事實，食品中菌落總數的測定對評定食品的新鮮度和衛生質量起著一定的衛生指標作用，但還必須配合大腸菌群的檢驗和病原菌項目的檢驗，才能作出比較全面準確評定。
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