二氧化碳使用有一定步驟，首先將隨機提供的減壓閥裝在二氧化碳鋼瓶上，接頭處不得有漏氣現象，暫不打開鋼瓶。將減壓閥輸出接頭用膠管（可用血壓計上用的外徑φ8，內徑φ4的橡膠管代用）與CO2箱背后上方的CO2 進氣管接頭接通相連，用壓緊圈壓緊，以防漏氣。
     然后用酒精將CO2 箱工作室內擦凈，在箱體后背打開紫外線燈電源開關，消毒1-2小時。
再用加水管連接水和箱體左上側加水口（水套式CO2 箱依此操作!）。
     接下來接通電源，電源開關置“1”，綠色指示燈亮：
     a. 水套式CO2 箱必須先進行加水操作，步驟如下所述：

　　打開水，緩慢給水箱加水，隨水位逐漸升高，當低水位指示燈滅后，此時再等待3-5秒后停止加水，此時水位在低、高水位之間，水位燈均應不亮，設備可投入運行。在未加水至高于低水位時，低水位指示燈亮并有蜂鳴報警聲。如進水過多，高水位指示燈亮后，水將從箱體背后溢水口溢出，故當高水位指示燈亮時，把左下側的放水口橡皮管拉出后拔出放水塞放水（注意：放水橡皮管應向外拉直約300mm左右）。直至高水位指示燈滅后2-3秒，再把放水塞頭塞緊。低水位報警時，應及時加水，否則溫度控制器停止加熱。

　　b.將溫度設定值調到需要的溫度（例如37℃），加熱指示燈（綠）應亮，表示正在加熱。（注：環境溫度超出25℃，可用空調降低環境溫度。）

　　c.將二氧化碳控制開關置于“0”。（關閉電磁閥，因為在未通二氧化碳培養時電磁閥長時間通電會發熱，影響電磁閥壽命。）

　　d.待溫度達到設定值后。將二氧化碳鋼瓶開啟，（開啟前，減壓閥應盡量擰松，防止減壓閥輸出壓力過高導致輸氣橡皮管暴裂!）減壓閥上進氣壓力表指示鋼瓶內二氧化碳壓力，緩慢地順時針擰減壓閥旋扭。使減壓閥輸出壓力指示為0.05Mpa，指針處于刻度線中間。此時用撥盤設定二氧化碳濃度（出廠時調整為5%），開啟二氧化碳控制開關前要關閉空氣流量計和二氧化碳流量計，二氧化碳控制器顯示“1”，此時即有二氧化碳進入內室。隨著濃度升高，二氧化碳控制器顯示出二氧化碳濃度值，到設定值時，設備自動切換到空氣及二氧化碳補氣狀態。此時需調整空氣流量計浮子應指示在760ml/min（出廠時已調好），二氧化碳流量計浮子應指示在40ml/min（出廠時已調好）;若浮子偏離上述數值時，可調節流量計旋鈕到760 ml/min（空氣）及40ml/min（二氧化碳）準確為止。（在開、關箱門后，短時間內空氣流量計無流量，CO2流量計流量也小于40ml/min這是正常現象）

　　e. 出廠時一般調整為5%±0.3%二氧化碳濃度，已能滿足廣大用戶的要求。

　　f.當溫度達到設定值，波動±0.5℃以內，二氧化碳濃度也達到要求后,即可進行細胞培養。放入水盤，使濕度符合要求。

　　g. 在使用本機或長期不用后使用本機，均應按上述要求操作，并且在正式培養前應作箱內污染檢查。