在離子色譜法分析中，標準樣品一般能得到比較漂亮的譜圖但一些實際樣品的譜圖往往伴隨著一些雜峰，這是由于離子色譜法分析中的基體干擾。下面針對一些離子色譜法分析中遇到的基體干擾進行討論。

1. 乙醛酸中的順丁烯二酸和乙二酸。這是分析化學尤其是色譜法分析中經常遇到的一類問題，屬于高濃度基體中的痕量組分分析。這類問題的困難之處在于，基體和待測組分性質接近，濃度卻差別較大，且高濃度的基體會影響相鄰組分在色譜柱中的保留行為，改變其保留時間和峰型。這類問題的常規解決方法是減少進樣量、使用高容量的色譜柱并將樣品逐級稀釋多份，并按照濃度由低到高的順序依次進樣。該方法較大的優勢是高濃度基體不會過載，影響色譜柱的使用壽命。筆者將乙醛酸樣品稀釋1000倍體積后進樣分析，順丁烯二酸和乙二酸在色譜圖中明顯可見同時乙醛酸沒有過載。但筆者認為該方法亦有一定的局限性。對于某些濃度差別過大（質量濃度比相差一萬倍以上）的樣品，可借助柱切換或閥切換等方式消除高濃度基體，例如梁麗娜介紹了一種測定飽和鹵水中碘離子的方法，該溶液中氯離子與碘離子的質量濃度比相差3000000倍，使用柱切換可明顯降低氯離子的含量。
2. 高氯基體中的亞硝酸根離子。自然界中氯離子是很常見、濃度較高的一種陰離子，由于在陰離子交換色譜中氯離子與亞硝酸根離子保留能力比較接近，因此高氯基體經常干擾亞硝酸根離子的測定。這類問題的一個解決方法是搭配一個紫外檢測器，因為亞硝酸根離子在200-220nm范圍內有較強的紫外吸收而氯離子在這一區間內吸收很弱。但是，使用碳酸鹽/碳酸氫鹽淋洗液時，氯離子基體濃度過高會在亞硝酸根之前產生一個明顯負峰，淹沒亞硝酸根的信號。這種現象筆者在使用離子色譜法測定奶粉中的亞硝酸鹽和硝酸鹽時遇到過，解決的方法使用高容量色譜柱。
3. 水溶性有機溶劑中的無機陰離子。本公司以過氧化氫處理丁醇樣品并以離子色譜抑制電導檢測測定了丁醇中的無機陰離子。經過過氧化氫處理，丁醇基體被氧化消除，因此色譜圖中各離子峰尖銳對稱無雜峰干擾。有文獻報道甲醇、異丙醇等醇類物質稀釋后以兼容有機溶劑的陰離子色譜柱測定其陰離子時，使用自再生抑制模式會在氯離子的保留時間出現一個的正峰，甚至淹沒氯離子的信號。該基體干擾的機理在于，醇類分子在死體積內倍洗脫（與氯離子保留時間接近），經過抑制器時，醇類分子會干擾鈉離子與氫離子的離子交換，使背景電導升高，因此出現一個正峰。