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1. 氨基柱既可以用于正相條件，又可以用于反相條件。
在正相與反相條件互換時需要注意兩點：
1）色譜柱中無緩沖鹽（建議使用乙腈/水=10/90溶液除鹽，1ml/min沖洗色譜柱60min）;
2）用異丙醇作為中間的過渡流動相（建議流速為0.5或0.8ml/min沖洗色譜柱90min）。
2. 正相條件下使用
1）色譜柱內保存流動相為正己烷/異丙醇=99.5/0.5，所以，新柱使用正相條件時，可以直接用流動相平衡色譜柱，然后檢測。
2）不宜分析含醛基、羰基的化合物，不可用于還原糖的分析;流動相要*脫氣，并不得含有羰基化合物和過氧化物（質量不好的乙醚、四氫呋喃含有少量羰基化合物和過氧化物）。
3）任何時候更換流動相時都要確保新流動相與柱子原保存液可互溶。
3. 反相條件下使用
1）如色譜柱內保存溶液為正相流動相，則先用異丙醇以0.5或0.8ml/min的流速沖洗60min，再用乙腈沖洗色譜柱30min，然后用流動相平衡色譜柱（如使用緩沖鹽作流動相則先用過渡流動相平衡色譜柱，再換分析流動相）;
2）調節流動相的pH，使其pH范圍在2.0～9.0，通常pH 3.0~7.0比較合適;
3）緩沖鹽的正確使用：過渡流動相：有機相和水相的比例與分析流動相相同，但水相中不含緩沖鹽。
4）分析酸性物質的注意事項：使用氨基柱進行酸性物質的分析時，酸性物質的存在意味著質子的存在，可 能會使略帶負電荷的氨基官能團質子化，導致使用一段時間后對于某些類的分析物保留性質有所改變或表現在柱效下降。建議：用5-10倍的柱體積的含0.5-1.0%NH3的乙腈-水（50:50）溶液沖洗該柱（沖洗后當然要再用不含堿的流動相洗去多余氨），之后再進行分析這類酸性分析物時建議在流動相中略微添加少許氨如0.1%。
注意事項
氰基色譜柱即可用于正相條件也可用于反相條件，正反相切換時的注意事項同氨基色譜柱。
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