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用在固相萃取中的溶液有很大pH范圍的溶液有。硅膠作為基體原料，如高壓液相色譜柱，通常穩定的pH范圍是2-7.5。當pH高于和低于這個范圍，鍵合相就會水解和從硅膠上斷鏈下來，或者硅膠本身就溶解了。然而，在固相萃取中，常常溶液只與吸附劑接觸較短的時間。實際上固相萃取管都是一次性使用，允許任何pH溶液以達到*保留和洗脫效果。如果固相萃取管對pH極限的穩定性非常重要時，聚合或碳鍵合固相萃取材料均可選用，如ENVI-Chrom P或ENVI-Carb。這些材料在1-14pH范圍內都是穩定的。
對于鍵合硅膠上反相固相萃取過程，如果希望保留分析物，預處理的溶液和樣品(基本上或全部為水溶液)的pH應調至zui適宜分析物保留。如果，分析物是酸或堿性的，通常情況下，使用的pH應該阻止化合物帶電荷。中性化合物(無酸性和堿性基團)的保留，一般不受pH影響。相反，也能調節pH，使樣品中不需要的化合物保留在固相萃取的填料上，而分析物則不被保留而流出。在適當的pH，分析物的再次親水性和陽離子交換作用則能被利用。
吸附劑用于反相條件，則應選擇pH，使分析物zui大程度地保留在反相硅膠上。一般使用有機溶劑洗脫時，這一點上的pH無足輕重。令人吃驚的是，當溶液在中性pH條件下，苯酚可帶電荷，它能更好的保留在ENVI-Chrom P上，而不是溶液在酸性pH，苯酚不帶電荷的情況。這表明，相對鍵合硅膠吸附劑對某些化合物有不同的選擇性。當使用這類填料時，應對樣品和預處理溶液的pH范圍有所研究。
對于鍵合硅膠或吸附劑上的正相固相萃取過程，pH一般是無關重要的。因為在這些過程中所用的溶劑一般為非極性有機溶劑，而不是水。
離子交換固相萃取是如何保留化合物，很大程度上取決于樣品和預處理溶液的pH。為了保留化合物，樣品的pH應保證分析物和硅膠表面的官能團帶上相反的電荷。
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