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PCR儀已經成為分子生物學、醫學、食品工業、司法科學、生物技術、環境科學、微生物學、臨床診斷、流行病學、遺傳學、基因芯片、基因檢測、基因克隆、基因表達等領域廣泛應用的一種儀器。PCR儀在操作中常會遇到哪些問題呢？該如何解決呢？
1、PCR在產物序列中引入了錯誤，這大多是由于聚合酶忠實性低或者循環數太多，這時需要使用帶有校正活性的熱穩定聚合酶，同時降低循環數。此外，四種dNTP的濃度不同也會出現該問題，此時應制備新的濃度相同的dNTP混合物。
2、PCR跑膠，目的條帶很亮，但是邊沿不清楚，前后有拖尾現象。出現這樣的問題，則需要進行細致的分析，因為引起該問題的可能很多。可先檢查是否模板質量問題，如有降解等，模板應避免反復凍融。也有可能是抽提RNA時有污染，則需要重新抽提RNA。此外，也可能是非特異性擴增引發該問題，可提高退火溫度，少循環次數。電泳緩沖液時間太長，ph值和鹽離子濃度明顯改變、電泳時電壓太高、電泳液過久沒換，電泳膠臟了等都可能引發該問題。如果不是由上述原因引起，則進一步檢查加樣量是否過大，制膠過程中膠孔是否制好，EB是否沖洗干凈、模板中是否混有基因組DNA或蛋白等。也需考慮是否擴增的條件不合適。針對具體原因再采取相應的措施。
3、PCR產物何時需要用凝膠純化，何時不需要？當凝膠分析擴增產物只有一條帶時，則不需要使用凝膠純化。當可見其他雜帶時，則可能是積累了大量引物的二聚體，在克隆前需要做凝膠純化。
4、如果實驗中沒有回收到目的片段，則需要繼續進行對照實驗。包括涂布未轉化的感受態細胞、轉化完整質粒，計算菌落生長數，測定轉化效率、用pGEM-T或pGEM-TEasy載體，連接pGEM-T正對照，轉化高頻率感受態細胞，按照的實驗步驟進行。
5、實驗中出現假陽性擴增該怎么辦？這是擴增系統受到污染的表現，應通過檢查排除污染源。首先考慮是否為試劑污染，可將試劑分裝好直接置于PCR儀中擴增進行判斷。其次要考慮是否為實驗室污染，可更換所用的移液器、吸咀管（離心管）等，將試驗中的關鍵步驟轉移到一個新的環境中，判斷是否為實驗室污染。如果是則需要對整個實驗室及實驗器材*清洗處理，保持良好的通風、清潔等。此外，還要考慮是否為采樣污染，一般表現為一批結果陽性率很高，一批結果陽性率又下降很多，如此反復。解決方法為盡量使用一次試管及吸咀取樣。
6、實驗中出現假陰性擴增該怎么辦？首先要考慮是否為儀器故障，儀器應正常運轉，尤其要注意加熱溫度及各管間的差異是否符合實驗要求，是否出現誤差等。其次要考慮是否為試劑失效或無效引起，使用有效的試劑。
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