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液相色譜與氣相色譜有一定差別，主要表現在以下幾個幾方面：
（1）液相色譜能完成難度較高的分離工作因為：
①氣相色譜的流動相載氣是色譜惰性的，不參與分配平衡過程，與樣品分子無親和作用，樣品分子只與固定相相互作用。而在液相色譜中流動相液體也與固定相爭奪樣品分子，為提高選擇性增加了一個因素。也可選用不同比例的兩種或兩種以上的液體作流動相，增大分離的選擇性。
②液相色譜固定相類型多，如離子交換色譜和排阻色譜。等，作為分析時選擇余地大；而氣相色譜并不可能的。
③液相色譜通常在室溫下操作，較低的溫度，一般有利于色譜分離條件的選擇。
（2）由于液體的擴散性比氣體的小105倍，因此，溶質在液相中的傳質速率慢，柱外效應就顯得特別重要；而在氣相色譜中，柱外區域擴張可以忽略不計。
（3）應用范圍不同
氣相色譜僅能分析在操作溫度下能氣化而不分解的物質。對高沸點化合物、非揮發性物質、熱不穩定化合物、離子型化合物及高聚物的分離、分析較為困難。致使其應用受到一定程度的限制，據統計只有大約20%的有機物能用氣相色譜分析；而液相色譜則不受樣品揮發度和熱穩定性的限制，它非常適合分子量較大、難氣化、不易揮發或對熱敏感的物質、離子型化合物及高聚物的分離分析，大約占有機物的70~80%。
（4）液相色譜中制備樣品簡單，回收樣品也比較容易，而且回收是定量的，適合于大量制備。但液相色譜尚缺乏通用的檢測器，儀器比較復雜，價格昂貴。在實際應用中，這兩種色譜技術是互相補充的。綜上所述，液相色譜法具有高柱效、高選擇性、分析速度快、靈敏度高、重復性好、應用范圍廣等優點。該法已成為現代分析技術的重要手段之一，目前在化學、化工、醫藥、生化、環保、農業等科學領域獲得廣泛的應用。
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