可以采用染色法。碘化丙啶是紅色熒光活力染料，結合DNA。碘化丙啶不能穿透活細胞和早期凋亡細胞的細胞膜，當細胞失去膜的完整性，碘化丙啶可染色DNA，也就是說它可以染死細胞，這個是常用的方法。
    Trypan Blue是一種常被使用于細胞染色的染劑。Trypan Blue無法穿透活細胞的細胞膜，但是當細胞受傷或死亡，細胞膜破損時，Trypan Blue則可以通透細胞膜進入細胞內，使細胞染成藍黑色。利用此一特點，配合血球計數器的使用，則可以在奧林巴斯顯微鏡（CX22/CX31/CX41)底下，分辨出細胞樣本中的活細胞與死細胞，以方便細胞計數。
    一般用美藍與堿性品紅的復合染料進行死菌的區分。染色后，活菌染為藍色，死菌和培養基偏紅，在顯微鏡（CX22/CX31/CX41)下很好區分。堿性品紅用乙醇加熱溶解，過濾，按1：10左右加入，可以根據情況適當調整到可以區分活菌和培養基即可。這是發酵中檢查是否染菌的zui常用方法。
    蘸取含細菌的液體LB培養基，在奧林巴斯顯微鏡下直接觀察，活菌游動，而死菌不動，這是zui簡單的一種粗略的方法，用戶可以試試。