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液相色譜儀中若存在氣泡，會造成色譜圖出現尖銳的噪聲峰，嚴重時會造成分析靈敏度下降；氣泡變大進入流路或色譜柱時，會使流動相的流速變慢或不穩定，使基線起伏。造成上述現象的主要原因有：
1、流動相中因混入了空氣而形成氣泡。
2、系統開始工作時未能將流路中的空氣驅趕干凈。
3、在注入樣品時不注意混入了空氣。
為了避免這類問題的出現，液相色譜儀分析過程中必須對流動相進行脫氣處理。常用的脫氣方法有：
1、吹氦脫氣法。
2、加熱回留法。
3、超聲波脫氣法。
4、抽真空脫氣法。
5、在線真空脫氣法。
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