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1、*次使用酵母蛋白抽提試劑盒前應按照試劑瓶標簽的說明在漂洗液中加入無水乙醇配制成工作液。
2、溶液YP1在使用前先加入RNaseA，將試劑盒中提供的RNaseA 全部加入，混勻，置于2-8℃保存。
3、質粒得率與酵母菌株、質粒拷貝數、培養條件等因素有關。通常酵母質粒拷貝數都很低，酵母蛋白抽提試劑盒一般通過電泳或分光光度計法都很難檢測到，可通過PCR 或轉化大腸桿菌來檢測。
4、使用前請先檢查溶液YP2和溶液YP3是否出現混濁，如有混濁現象，可在37℃水浴中加熱幾分鐘，待溶液恢復澄清后再使用。
5、得到的基因組DNA片段的大小與樣品保存時間、操作過程中的剪切力等因素有關。回收得到的DNA片段可用瓊脂糖凝膠電泳和紫外分光光度計檢測濃度與純度。如果洗脫時不使用洗脫緩沖液，而使用去離子水，比值會偏低，因為pH值和離子存在會影響光吸收值，但并不表示純度低。
6、洗脫緩沖液體積不應少于50ul ，體積過小影響回收效率；洗脫液的 pH值對洗脫效率也有影響，若需要用水做洗脫液應保證其pH 值在8.0左右，可用NaOH 將水的pH 值調至此范圍，pH 值低于7.0會降低洗脫效率；酵母蛋白抽提試劑盒在DNA產物應保存在-20℃，以防 DNA降解。這種方法針對雙向電泳，雜質少，離子濃度小的特點！當然單向電泳也同樣適用，只是電泳的條帶會減少。
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