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全自動酶標儀主要應用于生物教學、科研、實驗等領域。適合微生物、動植物、食品檢驗等實驗分析，也非常適合基層醫院臨床檢測使用。全自動酶標儀檢測自動化，智能化，適合批量樣品數據檢測。人機交互性能好。操作使用簡便。精度高，穩定度好，特別適合低刻度、小劑量的分子生物領域檢測使用。
全自動酶標儀是醫院檢驗科常用的一種醫療器械，它主要是用來對酶聯免疫反應等進行檢測，并對實驗結果進行讀取和分析，這樣可以診斷出人體的酶健康狀況。對于全自動酶標儀這類專業的醫療器械，其不僅僅用于醫院檢驗科，而其可以通過偶聯在抗原或抗體上的酶催化顯色底物進行的，反應結果以顏色顯示，通過顯色的深淺即吸光度值的大小就可以判斷標本中待測抗體或抗原的濃度，這一功能已經成熟應用于我國的疾控中心。
在食品安全領域，也有全自動酶標儀的用武之地。例如它可以檢測奶粉中的三聚氰胺、可以檢測豬肉中的瘦肉精等，從而確保食品安全，保證人民群眾的身體健康。那么國家對于全自動酶標儀生產廠家是如何要求的呢？我們應該仔細甄選適合自己的全自動酶標儀產品。國內多家機構，如衛生部臨床檢驗中心和計劃生育系統等多次強調全自動酶標儀的重要性，并要求酶聯免疫檢測試劑應使用全自動酶標儀判讀，酶免試劑的質控也應使用全自動酶標儀，并提供全自動酶標儀測定的原始數據，而各全自動酶標儀生產廠家的試劑盒說明書沒有是讓用目測的。同時酶免檢測的項目往往是一些實質性的感染和病變（如：肝炎、艾滋病、優生優育等），判讀更要求嚴謹，由誤診引起的糾紛很難處理。另外，住院手術病人術前的丙肝、愛滋等EIA試劑檢測是避免因輸血引起感染引發的醫療事故糾紛的必要手段，正逐漸被許多單位所采用。
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