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由于HPLC系統中氣泡的存在，會造成色譜圖上出現尖銳的噪聲峰，嚴重時會造成分析靈敏度下降；氣泡變大進入流路或色譜柱時會使流動相的流速變慢或不穩定，使基線起伏。造成上述現象的主要原因有三條：一是流動相溶液中往往因溶解有氧氣或混入了空氣而形成氣泡；二是系統開始工作時未能將流路中的空氣驅趕干凈；三是在注入樣品時不注意混入了空氣。
為了避免這類問題的出現，HPLC實際分析過程中必須重視對流動相進行脫氣處理；在HPLC系統開始工作前，可以用注射器連接恒流泵的排空閥，抽入流動相，將流路中的空氣驅趕干凈；在注入樣品前注意排出樣品注射器中的空氣。
2.柱溫
在操作HPLC時，色譜柱是在室溫環境下工作的。大多數的工作環境溫度是不斷變化的，溫度的差別就會引起較復雜的問題。溫度的影響在所有的色譜分析方式中都是存在的，HPLC方法中的洗脫方式受溫度的影響。
等度洗脫時溫度會影響保留時間，當溫度升高時所有的色譜峰都前移了，等度洗脫時一般溫度每升高１℃，保留時間會縮短(1~3)％。溫度變化對梯度洗脫和等度洗脫的影響趨勢是一樣的。溫度變化對梯度洗脫的影響要小于對等度洗脫的影響。即便如此，若梯度洗脫時不控制溫度的話，保留值一般也會有較大的變化。溫度變化還可能引起選擇性顯著變化。
正如柱子不能*平衡將導致保留時間的重現性差一樣，柱溫不平衡也會導致不理想的后果，這個問題在峰寬上的影響尤其明顯。當溫度變化時除了選擇性和保留時間的變化之外，峰寬也會發生變化。升高溫度通常會使理論塔板數升高，峰寬變窄，由于峰面積不變，峰越窄就會越高，因此升高溫度可以達到更小的檢測限。
柱子里的溫度變化也會影響峰形。當流動相和柱子之間的溫差增大時，由溫度不平衡而導致的峰變形就會加劇。
為了獲得一致的結果我們必須要控制柱溫，使用柱溫箱是的辦法。如果沒有柱溫箱，zui有效的辦法就是將色譜柱隔絕在一個溫度波動zui小的地方。
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