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RNA-seq數據分析方法2011/06/08

高通量RNA測序（RNA-seq）有望描繪出轉錄組的整體圖像，實現樣本內所有基因及其亞型的完整注釋和定量。隨著測序價格的不斷下降，以及個人化測序儀的上市，更多的實驗室有機會嘗試這種新技術。然而，測序之后的數據分析才是真正的挑戰。在RNA-seq之后，還需要一些強大的計算工具，才能繪制出完整的轉錄組圖譜。在這一期的《自然—方法學》（NatureMethods）上，來自MIT和哈佛Broad研究院的研究人員發表了一篇綜述，介紹了轉錄組注釋和定量的計算方法。首先，他們介紹了一些方法，將讀數與參考轉錄組

新概念心血管疾患診斷程序2011/06/08

KAIST（總長：徐楠杓）5月27日發表了生命化學工學系的樸鉉圭教授利用大腸菌開發了誘發心血管疾患的血液內Homocysteine濃度的分析技術。研究組通過遺傳子的再組合，制作了相互不同的兩個生物發光大腸菌的營養要求主，對Homocysteine的兩菌主成長差異以生物發光信號進行了分析。根據KAIST資料，此技術可以對大量的血液樣品同時進行分析，非常經濟。所以在zui近急速生長的Homocysteine定量檢查領域的商業化中，得到了非常大進步的專家評價。原有的利用孝素反應或高性能液體色譜圖表的方

我國快速建立腸出血性大腸桿菌檢測法2011/06/07

近日，我國細菌學科學家、生物技術科學家聯手，快速建立腸出血性大腸桿菌O104H4檢測方法和鑒定方法，并已開始向全國推廣。中國CDC（疾病預防控制中心）傳染病預防控制所所長徐建國研究員日前在接受本報記者專訪時稱，該方法的建立，為我國各地及時捕捉可能入侵的這一新發病原提供了有力武器。徐建國介紹，已知常見腸出血性大腸桿菌（EHEC）血清型有3個：O157、O26、O111；不常見的血清型有40多種。zui近在德國引起暴發疫情的O104H4是EHEC家族中的一種罕見的血清型，含有志賀毒素2（vtx2a）

與人腦發育有關的*基因“現身”2011/06/07

據英國《每日電訊報》日前報道，科學家找到了與人腦發育有關的*基因——層粘連蛋白γ3（LAMC3），這種基因會決定人大腦皮質的特征。新研究有望讓科學家理解大腦內的褶皺如何形成；也有助于科學家早日研制出“人造大腦”。美國耶魯大學和土耳其幾家科研機構的科學家攜手對一名大腦缺乏明顯褶皺的土耳其病人進行研究后做出了上述發現。耶魯大學醫學院的教授穆拉特·居內爾在《自然·遺傳學》雜志上表示，揭示出這種基因在人腦發育過程中的基本作用能讓我們更好地理解大腦皮質。大腦皮質是大腦內的褶皺，其掌控了人類的感情、本能與短

頭發可促傷口愈合2011/06/07

對日益講究時髦的都市人而言，頭發zui大的功能不外是整體形象的一部分。但如果本地研究能在未來取得突破，頭發可能在醫療領域中扮演重要角色，協助人體加快傷口愈合的速度。由南洋理工大學材料科學與工程學院助理教授黃奇偉（37歲）領導的四人小組過去一年多來積極展開了這方面的探索工作。黃奇偉接受本報訪問時解釋，纖維原細胞（fibroblast）是促進傷口愈合的關鍵細胞之一，而角蛋白（keratin）有助于這類細胞的增生。人類的頭發60%至90%的構成部分為角蛋白，因此若能有效地把頭發提取出來的角蛋白融入傷口

延安推廣玉米品種引轉基因爭議2011/06/07

一年前，媒體報道的“先玉335”玉米在山西導致田鼠減少、母豬絕育等生態問題，引發對“先玉335”是否轉基因的身份之爭。日前，延安市農科所在當地媒體向農民推薦“先玉335”，再次引發爭議。一些反對轉基因食品的志愿者發帖質疑：今年3月，農業部發布推介的玉米品種，已將“先玉335”排除在外，而地方農科所為何仍在向農民朋友鄭重推薦“先玉335”？記者調查發現，盡管不斷有各級農業機構先后為“先玉335”正名——“先玉335”不是轉基因玉米，但圍繞其爭議一直不休。爭議的背后，則是一些人士對種子安全乃至食品安

G蛋白偶聯受體特異性的抑制劑2011/05/06

G蛋白偶聯受體盡管功能非常多樣，但結構卻非常保守，含有一個七跨膜的核心結構域和三個細胞膜內結構域和三個細胞外結構域。骨質疏松治療的新方法在NatureMedicine上的報道發現將palmitate基團連在GPCR蛋白酶激活受體1（PAR1？？protease-activatedreceptor1）和PAR4的肽端上能夠強力拮抗受體的正常功能。這些細胞通透性的脂質化肽端，命名為pepducins，因此能夠被用來減弱GPCR的正常功能，以及對相關的信號傳導通路進行抑制。許多疾病與GPCR有非常重要

人類原代細胞癌變轉化的新途徑2011/05/06

人類的原代細胞對于致癌變的轉化作用是比小鼠細胞有抵抗能力的，人類原代細胞需要在三個特別的遺傳位點（theHRAS-V12oncogene,theSV40earlyregionandthecatalyticsubunitofomerase（TERT））進行重組才可能發生轉化，而小鼠細胞有兩個原癌基因發生重組就可以了。對這一現象的解釋還很不清楚，可能是小鼠細胞更容易永生化，例如它們具有更長的端粒和自己表達端粒酶。這可能是原因之一，因為在人類原代細胞中需要的第三個不同位點就是對端粒的維持和永生比較重要

追蹤癌癥標記物——新型抗體掃描法2011/05/06

研究人員利用一種新型抗體掃描法發現了一種可能的前列腺癌腫瘤標記物。由于癌癥患者通常會產生抗特定腫瘤抗原的特異性抗體——這對診斷來說非常重要，因此在2003年1月份的《自然—生物技術》雜志上，得克薩斯大學M.D.Anderson癌癥中心的科學家報告了一種通過掃描癌癥患者血清中相應抗體而識別腫瘤特異性抗原的方法。他們的方案包括4個主要步驟：*步，除去所有血清樣本中的普遍存在的抗體；第二步，反復提純癌癥患者血清中的癌癥特異性抗體；第三步，識別能與這些癌癥特異性抗體結合的合成抗原；zui后一步，識別首先

以人類細胞來做為心跳節律器2011/05/06

科學家從老鼠的初步研究中發現人類自己的細胞也許能夠代替人工的心跳節律器，科學家測試了未成熟的骨骼肌細胞的能力，讓其連接心臟細胞并且將維持正常心跳的電子脈沖傳送出去。研究主持人Cowan表示：“也許在未來的某一天我們就能夠使用人類體內的細胞技術脫離心跳節律器的束縛了?！碑斝姆块_始發出電子訊號時，心臟就會收縮，接著訊號就會傳送到其他的房室。若是心房與心室的電子訊號傳送遭受破壞，則心臟會*阻塞，不但可能危及生命，而且*的治療房室為植入心跳節律器。目前每22000名新生兒當中就有一名罹患心臟傳導阻斷，此

對肺癌有效的新生物制劑2011/05/06

由于吸煙人口的普遍及年輕化導致肺癌的發生率及死亡率都排名在癌癥的*，因此肺癌的治療變成是目前zui熱門的話題，遺憾的是目前雖然有很多新抗癌藥物如太平洋紫杉醇Gemcitabin、Navelbin等，每人要花達數十萬元，但對末期病患只有延長二個多月，因此新藥的研發成為研究室及藥廠zui大的發展目標之一。Iressa（ZD1839）目前是zui被看好對肺癌有效的新生物制劑，主要作用是抑制上皮生長激素接受體之酥氨基酸溶解？，此物質常見于各種癌細胞之過度表現，尤其是肺癌。zui近的臨床實驗以Iressa

蛋白質與細胞作用過程全記錄2011/05/06

想要觀察記錄蛋白質與細胞在其自然環境中真實的作用情形一直是分子與細胞生物學家的夢想。這個夢想將可在洛克斐勒大學的新研究成果中實現了。洛克斐勒大學利用1980年代所研發出的電腦科技----量子點，讓這些能發熒光的納米晶體能安全地活體組織中作用，讓科學家得以借由熒光顯微鏡的幫助，每分每秒地追蹤蛋白質與細胞真實的作用情形。SanfordSimon博士表示，如果確實了解一個蛋白質與細胞在其自然環境下的功用，就必須要能實況觀察到他們在該環境下的作用與移動情形，例如像是囊胞性纖維癥或是阿茲海默癥等疾病都是因

發明蛋白酶無線遙控法2011/05/06

美國麻省理工學院科學家發明了一種用無線電波控制細胞內部活動的方法。參與此項研究的焦瑟弗?加卡博松說，這個發現雖距建造“微生物機器”的路途還很遙遠，不過已看到希望。由焦瑟弗?加卡博松等人完成的實驗表明，一些能夠被無線電電波遙控的蛋白酶———單細胞微生物可像計算機那樣被裝載一定的程序、定期完成指令性工作。加卡博松所在的研究小組在電磁場的幫助下學會了開啟和關閉蛋白酶。據悉，為了做到這一點，科學家向蛋白酶中放入了大小約為百萬分之一毫米的金粉末，在磁場作用下，金粉末猶如無線電接收器一樣使蛋白酶從電磁場中獲

血小板凝血機理有新發現2011/05/06

這是一個經特殊處理的小白鼠破損血管凝血的真實活動畫面，畫面十分清晰：血液在不斷地流動，在破損的血管處，血小板在不斷堆積，直至流血被止住。通過對血小板凝血現象的活體觀察，安徽醫科大學特聘教授、旅加學者倪合宇發現了血小板凝集中一些此前世界上無人知曉的新現象，他的這些成果近日被載入美國新版教科書《血小板》上。半個世紀以來，醫學界都認為纖維蛋白元和VWF因子是血小板凝血時必須具備的兩種物質。倪合宇通過對活體動物模型的觀察發現，正常小鼠在血管破損后，6分鐘創口處即有穩定的血液栓子形成，9～10分鐘，血管*