初次將 UHPLC 用于小分子分離時，能得到很好的峰形，但是蛋白質(zhì)峰的分離幾乎沒有那么好，因此通常不可能顯著縮短運(yùn)行時間。然而，最近對蛋白質(zhì)進(jìn)一步改進(jìn)讓UHPLC 可以提供更好的分離度和更短的運(yùn)行時間。雖然 UHPLC 不能讓科學(xué)家始終看到蛋白質(zhì)之間的所有差異，但它可以讓他們看到一些差異——例如，在大體形態(tài)、二硫化物異構(gòu)體、脫氨基作用和蛋白質(zhì)折疊方面。蛋白質(zhì)研究人員使用不同的色譜模式來實現(xiàn)這一目標(biāo)，例如反相色譜 ( RPC )、離子交換 色譜( IEX ) 和尺寸排阻 ( SEC ) 色譜。
為了成功分離出蛋白質(zhì)的細(xì)微變化，可以通過儀器控制在儲存和分離過程中具有生物相容性和準(zhǔn)確的溫度控制來保護(hù)脆弱的蛋白質(zhì)樣品免受外部因素的影響。許多蛋白質(zhì)研究人員在質(zhì)譜 ( MS ) 分析之前使用超高效液相色譜技術(shù)分離蛋白質(zhì)。這可以很好地工作，具體取決于 UHPLC 分析的模式。
色譜填料改進(jìn)的粒子技術(shù)也對提高蛋白質(zhì)分析有著顯著推進(jìn)作用。傳統(tǒng)上，UHPLC 對小分子的定義特征是直徑小于 2 微米的全多孔顆粒柱。但是，這些對較大的蛋白質(zhì)效果不佳，因為它們會導(dǎo)致背壓增加、液相色譜柱堵塞和其他儀器維護(hù)問題。對于這個問題，改進(jìn)的色譜填料采用核殼顆粒（也稱為表面多孔、幾何結(jié)構(gòu)、融合核或混合顆粒）由被多孔外層包圍的實心球形內(nèi)層制成，可提高 UHPLC 的分離效率處理更大的蛋白質(zhì)。
恒譜生USHA和USHB系列填料從1.8粒徑到200、300甚至更大的粒徑都具有很好的重現(xiàn)性、選擇性和高分離度的優(yōu)點(diǎn)。*的鍵合方式，可實現(xiàn)水相條件。不管是反相分析還是正相分析，都可以找到合適的色譜柱，能夠高效分析維生、類固醇、蛋白質(zhì)、單糖、多糖、氨基酸等多種物質(zhì)。
UHPLC 的應(yīng)用正在擴(kuò)大，并且越來越多地包括生物治療藥物。核殼顆粒通常用于分離免疫球蛋白， IgG 療法是當(dāng)今蛋白質(zhì)治療工作的最大份額。未來可能超高效液相色譜會在核殼顆粒以及研究和生物制藥應(yīng)用方面取得進(jìn)一步的技術(shù)發(fā)展。作為化學(xué)和生物學(xué)的交叉點(diǎn)，用于蛋白質(zhì)的 UHPLC 已準(zhǔn)備好進(jìn)入一系列有趣的應(yīng)用領(lǐng)域。
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