無標記定量蛋白質組學指南：從實驗到數據分析檢測技術服務詳情介紹

無標記定量dànbáizhì組學（Label-Free Quantitative Proteomics, LFQ）作為現代生物醫(yī)學研究的重要工具，因其無需額外標記、樣本處理簡便、數據量豐富而廣泛應用于疾病機制探索、藥物靶點篩選及生物標志物發(fā)現等領域。通過高分辨質譜結合jīngquè的數據分析，LFQ能夠實現對不同生物樣本中dànbáizhì表達水平的系統(tǒng)性比較。本文將系統(tǒng)梳理無標記定量dànbáizhì組學的實驗流程、關鍵技術要點以及數據分析策略，助力科研人員高效設計和執(zhí)行LFQ項目。

百泰派克生物科技結合Orbitrap Exploris系列高分辨質譜儀與自主優(yōu)化的數據處理流程，提供一站式無標記定量dànbáizhì組學服務，助力全球科研客戶獲取可靠、可重復的深度dànbáizhì組數據。

一、無標記定量dànbáizhì組學概述

無標記定量方法主要通過測量肽段的質譜信號強度（MS1級）或譜圖數量（MS/MS級）來推斷dànbáizhì豐度。相較于同位素標記（如SILAC、TMT）技術，LFQ具有實驗靈活性高、適配樣本類型廣泛、成本相對低廉等優(yōu)勢，尤其適用于大規(guī)模臨床樣本隊列研究。

核心技術路徑：

（1）基于MS1信號強度：通過檢測肽段峰面積進行定量，代表性軟件如MaxQuant、Proteome Discoverer。

（2）基于MS/MS譜圖數量（Spectral Counting）：通過統(tǒng)計特定dànbáizhì對應的碎片譜數量推測其豐度，多用于初步篩查。

二、樣本制備：數據質量的dìyī道關口

1、樣本類型與預處理

常見的LFQ樣本包括細胞、組織、血清、血漿及其他體液。不同樣本類型對蛋白提取方法有特定要求：

（1）細胞/組織樣本：建議采用機械勻漿結合裂解液（含變性劑、還原劑及蛋白酶抑制劑）處理。

（2）血清/血漿樣本：需先去除高豐度蛋白（如白蛋白、免疫球蛋白）以提升中低豐度蛋白的檢測深度。

2、dànbáizhì提取與酶解

蛋白提取后需進行定量檢測（如BCA法），確保每個樣本加載蛋白量一致。隨后，采用yídànbáiméi（Trypsin）按適當酶對底物比例（常見為1:50或1:100）進行充分酶解，確保肽段生成均勻。

3、純化與分級

為了降低樣本復雜度、提升低豐度蛋白檢出率，通常推薦進行肽段脫鹽（如C18柱純化）及高pH反相液相色譜分級。

三、質譜檢測：無標記定量dànbáizhì組學的核心

1、儀器選擇與參數優(yōu)化

百泰派克生物科技采用高分辨率、高靈敏度的Orbitrap Exploris 480質譜儀，結合納升級液相色譜（nanoLC）系統(tǒng)，實現對復雜樣本中低豐度蛋白的jīngzhǔn檢測。

關鍵參數優(yōu)化示例：

（1）MS1分辨率：>= 60,000 @ m/z 200，提升峰識別精度

（2）數據采集模式：DDA（Data Dependent Acquisition）或DIA（Data Independent Acquisition）

（3）TopN設定：根據樣本復雜度調整（如Top20或Top30）以優(yōu)化掃描速度與覆蓋率

內部質控措施：

（1）引入iRT標準肽用于保留時間校準

（2）每批次穿插QC樣本，實時監(jiān)控質譜性能穩(wěn)定性

四、數據分析流程：從原始數據到生物學洞見

1、原始數據處理

（1）峰提取與肽段識別：利用MaxQuant、Proteome Discoverer等軟件進行。

（2）dànbáizhì鑒定與定量：基于FASTA數據庫檢索，控制1%FDR（False Discovery Rate）保證鑒定質量。

2、數據歸一化與缺失值處理

（1）歸一化：如基于總離子流（Total Ion Current, TIC）或中位數歸一化，消除樣本間技術偏差。

（2）缺失值填充：區(qū)分隨機缺失（MAR）與非隨機缺失（MNAR），采用適當的插補策略，如小值替代或kNN算法。

3、差異蛋白篩選標準

通常設置如下篩選條件：

• Fold Change（FC）>1.5或<0.67

• 調整后p值（Benjamini-Hochberg校正）<0.05

4、功能富集與通路分析

通過GO（Gene Ontology）、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）等數據庫進行差異蛋白功能注釋與通路富集分析，揭示潛在的生物學機制。

百泰派克生物科技無標記定量dànbáizhì組學服務優(yōu)勢

• *平臺：搭載Orbitrap Exploris 480、Fusion Lumos等旗艦質譜系統(tǒng)

• 標準化流程：從樣本制備到數據分析，遵循嚴格QC體系

• 定制化分析：支持DDA、DIA及混合采集策略，滿足不同研究需求

• 深度挖掘：提供差異蛋白篩選、PPI網絡構建、生物標志物預測等增值分析服務

無標記定量dànbáizhì組學以其高靈敏度、廣覆蓋、操作簡便等優(yōu)勢，正在生命科學研究與轉化醫(yī)學領域展現巨大潛力。規(guī)范的實驗設計與高效的數據處理是確保LFQ研究成功的關鍵。百泰派克生物科技致力于為科研人員提供高質量、全流程的dànbáizhì組學解決方案，助力每一次科學探索邁向更高的精度與深度。若您有無標記定量dànbáizhì組學相關項目需求，huānyíngfǎngwèn百泰派克生物科技或聯(lián)系我們的zhuānyè團隊，開啟您的高質量科研之旅！

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統(tǒng)進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術*，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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