LC-MS/MS 在無標記定量蛋白質組學中的應用解析檢測技術服務詳情介紹

一、LC-MS/MS：無標記定量的核心技術支撐

無標記定量（Label-Free Quantification, LFQ）之所以成為當前dànbáizhì組學研究中的主流定量方式之一，很大程度上得益于 LC-MS/MS 技術的發(fā)展。LC-MS/MS 是液相色譜與串聯(lián)質譜的聯(lián)合平臺，其中 LC 負責將復雜多肽混合物進行高效分離，MS/MS 則對分離后的肽段進行定性與定量檢測。在 LFQ 中，質譜一級（MS1）的信號強度——即肽段的峰面積，是蛋白相對豐度計算的關鍵依據(jù)，而 MS/MS 生成的碎片譜圖則用于蛋白鑒定。這種依賴高分辨率、高穩(wěn)定性的檢測體系，使得 LC-MS/MS 成為 LFQ 成敗的決定性因素。

二、從樣本到數(shù)據(jù)：LC-MS/MS 在 LFQ 中的完整流程解析

無標記定量dànbáizhì組學的實驗流程從樣本準備開始。蛋白抽提后需進行酶解、脫鹽并統(tǒng)一濃度，確保上機一致性。隨后，樣本經納升液相色譜分離系統(tǒng)處理，通常使用反相 C18 柱，并通過梯度洗脫在 60~120 分鐘內緩慢釋放肽段，有效提升分離度，減少共洗脫現(xiàn)象。隨后進入質譜分析階段，常用的數(shù)據(jù)采集模式包括 DDA（依賴zuì強離子進行碎裂）和 DIA（覆蓋所有預設 m/z 區(qū)間，數(shù)據(jù)完整性更強）。zuì后，通過 MaxQuant、DIA-NN 等工具完成蛋白定量、歸一化處理和差異分析，構建表達譜及功能注釋。

1、蛋白樣本前處理

LFQ樣本無需標記，通常包括以下步驟：

（1）蛋白抽提與定量（BCA、Bradford）

（2）yíméi酶解生成多肽

（3）肽段脫鹽純化（C18柱）

（4）上樣濃度標準化處理

百泰派克采用自動化液處理平臺實現(xiàn)高通量樣本前處理，提升數(shù)據(jù)一致性。

2、液相色譜分離（LC）

肽段混合物上樣后，先通過納升級反相色譜系統(tǒng)進行分離：

（1）使用 C18 納柱（通常為75 µm × 15 cm）

（2）梯度洗脫時間常設為60-120分鐘，以提高分辨率

（3）搭配在線納噴（nanoESI）提升離子化效率

高質量的分離能減少肽段共洗脫，提升峰識別的準確性，是獲得高信噪比MS數(shù)據(jù)的關鍵。

3、質譜檢測（MS/MS）

無標記定量常見數(shù)據(jù)采集模式包括：

（1）DDA（Data-Dependent Acquisition）：

• 優(yōu)良行MS1全掃描（300–1800 m/z）

• 選擇Top-Nzuì強峰碎片化（MS2）進行定性分析

• MS1強度用于定量（LFQ核心）

（2）DIA（Data-Independent Acquisition）：

• 將m/z區(qū)間劃分為連續(xù)窗口，同時碎裂所有肽段

• 配合離線譜圖庫或人工建庫，提升數(shù)據(jù)完整性

• 更適合大樣本量或對缺失值敏感的項目

4、數(shù)據(jù)提取與分析

采集完成后，LFQ定量依賴于特定軟件平臺進行數(shù)據(jù)提取與統(tǒng)計：

（1）MaxQuant + Perseus：目前zuì主流的LFQ分析組合，支持蛋白鑒定、定量與差異分析；

（2）MSFragger、DIA-NN（DIA用）：支持更快的數(shù)據(jù)搜索與高靈敏度的定量建庫；

（3）數(shù)據(jù)標準化：Log2轉化、Z-score歸一、缺失值*等；

（4）差異分析 + 功能富集 + 網(wǎng)絡構建（如GO、KEGG、PPI分析）一體完成。

百泰派克擁有zhuānyè生信團隊，可根據(jù)客戶研究目標提供從原始數(shù)據(jù)至發(fā)表級圖表的一站式分析服務。

三、無標記定量dànbáizhì組學技術優(yōu)勢與潛在挑戰(zhàn)

1、技術優(yōu)勢：

（1）無需標記，簡化流程，降低成本

（2）適合大規(guī)模樣本批次分析

（3）支持任意樣本補充、靈活上機

（4）數(shù)據(jù)易于與轉錄組、代謝組對接

2、挑戰(zhàn)與應對：

（1）批間差異與LC漂移：解決方案是引入QC樣本 + RT對齊算法；

（2）缺失值問題：通過多重插補 + 數(shù)據(jù)歸一化模型優(yōu)化；

（3）低豐度蛋白識別率低：延長色譜梯度 + 使用DIA模式 + Orbitrap高靈敏設備提升覆蓋。

四、適用場景廣泛，靈活應對各類研究需求

得益于 LC-MS/MS 平臺的不斷升級，LFQ 已廣泛應用于多種研究方向，包括癌癥組織或血漿樣本的差異表達分析、藥物處理前后蛋白譜變化監(jiān)測、細胞信號通路激活狀態(tài)評估、外泌體及微量樣本定量研究等。尤其在機制探索、標志物篩選與高通量初篩階段，LFQ 展現(xiàn)出xìngjiàbǐgāo、結果全面、流程靈活的優(yōu)勢。通過合理優(yōu)化 LC 梯度、質譜參數(shù)與數(shù)據(jù)分析路徑，研究者可基于 LC-MS/MS 平臺構建系統(tǒng)而穩(wěn)定的dànbáizhì表達數(shù)據(jù)庫。

五、百泰派克生物科技：為您的 LFQ 項目提供zhuānyè支撐

百泰派克配備多臺 Thermo Orbitrap 系列質譜儀，結合高效液相色譜系統(tǒng)與自動化前處理平臺，能夠為不同研究需求提供個性化 LFQ 技術解決方案。無論是 10 樣本還是 100 樣本，無論是組織、血液還是外泌體，我們都能提供從樣本制備、質譜上機、數(shù)據(jù)提取到功能注釋的全流程服務，并可按需整合代謝組、轉錄組等多組學分析需求。我們致力于讓科研人員以更低的實驗門檻，獲得更高質量的數(shù)據(jù)支持與結果轉化能力。

LC-MS/MS 不僅是 LFQ 的基礎，更是其精度和可重復性的保障。隨著質譜硬件性能提升和數(shù)據(jù)算法不斷優(yōu)化，無標記定量dànbáizhì組學將在更多科研和產業(yè)化場景中發(fā)揮更大潛力。如果您正在籌劃蛋白組定量研究，歡迎與百泰派克生物科技聯(lián)系，我們將為您的研究提供強有力的技術支持和解決方案，助力科研成果從“可見”到“可發(fā)表”。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統(tǒng)進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數(shù)據(jù)轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術優(yōu)良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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